Meisjesbesnijdenis kan lichamelijke, psychische en seksuele problemen veroorzaken. De kans op lichamelijke en psychische klachten en medische complicaties is groot, tijdens de ingreep maar ook daarna. Bij infibulatie (type 3) komen de meeste klachten voor. Vrouwen en meisjes leggen bij eventuele klachten niet vanzelfsprekend het verband met de besnijdenis. 

Directe gevolgen tijdens en na de ingreep
• extreme pijn (wanneer de ingreep zonder verdoving plaatsvindt);
• urineklachten (pijn bij plassen, ophoping urine in de blaas);
• overmatig bloedverlies
• kans op infectie (ook tetanus)
• shock
• overlijden

Mogelijke medische gevolgen (op langere termijn) na de ingreep
• menstruatieklachten en moeilijke en/of pijnlijke urinelozing;
• urineweginfectie
• chronische pijn in onderbuik
• chronische infecties
• onvruchtbaarheid door gynaecologische infecties
• littekenvorming met keloid en huidcysten
• vaginastenen
• verhoogde kans op HIV-infectie;
• moeilijk inwendig onderzoek (uitstrijkje)
• moeizame bevalling
• medisch ingrijpen om seksuele gemeenschap en bevalling mogelijk te maken     >>

Mogelijke psychosociale en seksuele gevolgen (op langere termijn) na de ingreep: 
• angst voor seks
• PTSS
• angst en depressie
• het vergroten van de opening (defibulatie) om seks mogelijk te maken door echtgenoot.

Veel is hierover nog niet bekend, maar bij de ontwikkeling van psychosociale klachten zijn de volgende factoren relevant: 
• vorm van vgv
• leeftijd waarop een meisje besneden is
• omstandigheden waaronder een VGV is uitgevoerd: met of zonder verdoving uitgevoerd, waar?
• mate waarin omgeving het meisje na de besnijdenis heeft opgenomen
• overtuiging: hoe denkt het meisje zelf over besnijdenis?
• cultuur op zich: hoe makkelijk praten mensen erover?
• migratie naar landen waar besnijdenis verboden is.